A partir del siglo XVII comienza a languidecer el esplendor de la navegación y la hidrografía española, pero la información geográfica y náutica emanada de la Casa de la Contratación fue aprovechada por autores centroeuropeos como Ortelius o Mercator que hicieron de los Países Bajos el principal centro de producción de mapas, bajo el control de la Corona española, complementando la escasa producción de autores españoles e imponiendo desde finales del siglo XVI, y especialmente a lo largo del XVII, el atlas como forma cartográfica dominante.

La actividad científica española durante el siglo XVII fue escasa teniendo que recurrir a autores de otros países. Ya en las últimas décadas del siglo XVI, la falta de cosmógrafos y matemáticos con preparación científica era tan importante que Felipe II, asesorado por Juan de Herrera, creó en 1582 la Real Academia de Matemáticas de Madrid, antecedente de la moderna Academia de Ciencias, destinada a integrar a los más destacados geógrafos, astrónomos y matemáticos, y cuyas enseñanzas estuvieron destinadas fundamentalmente a la cosmografía y la navegación.